中心成立以来,以国家科技重大专项和省“科教兴卫”工程为牵引,以卫生部肠道病原微生物重点实验室为平台,应用研究成就斐然,连年攀升,先后获得各级各类科技奖114项。其中省部级科技成果一等奖1项、二等奖9项、三等奖17项,市厅级科技成果一等奖26项、二等奖45项、三等奖16项,“十三五” 科教兴卫工程立项创新平台1个,重点学科1个,创新团队2个,重点人才3人;“职业病临床”获批“卫生重点临床专科”。主持国家级、省部级课题101项,其中科技部国家重大专项1项(2009、2011、2013、2015),科技部863计划1项,国家自然科学基金21项,省自然科学基金、支撑计划、临床专项46项,其他部委及人才培养项目32项;承担或参与制定国家标准170项,发表论文3173篇,SCI收录论文从无到有,累计发表380篇,其中《Journal of the Lancet》发表7篇,《The New England Journal of Medicine》发表6篇,《Nature Genetics》1篇,最高影响因子55.873,目前拥有软件著作权34项,发明专利19项,实用新型专利专利权维持12项,标志着中心科研、监测、检测、应急、防控能力逐年跃升,有力保障和促进全省公共卫生事业发展。