吉林省人民医院心脏外科起步于上世纪七十年代，是成立独立专科最早的省级医院之一。经过几代人的努力，心脏外科已经发展成为治疗各类先天性心脏病、风湿性心脏瓣膜病、心脏肿瘤、心脏大血管及冠脉搭桥等手术的专业科室，形成了具有专业麻醉、体外循环、ICU等相关专业技术高超的团队，承担着吉林省及周边省市心脏病患者的诊治工作。2010年以来，心脏内科及心脏外科共同组成了心脏病诊疗中心，由此开始了以病人为中心的全新的医疗模式，对有疑难的心脏病患者，由过去的单一专科治疗变由心脏外科与心脏内科共同诊治，同期解决心脏疾病问题，以减少病人重复治疗及住院的次数，减轻了病人的经济负担。在风湿性心脏病的重症瓣膜替换、联合瓣膜替换、危重患者冠状动脉搭桥术、巨大室壁瘤切除术、冠脉搭桥+瓣膜替换术及大血管手术方面取得了良好效果，处于全国先进水平。　　近年来，心脏外科在婴幼儿先心病的治疗方面取得了突破性的进展。各种疑难复杂和低龄低体重患儿手术陆续在科室开展，最小年龄2个月，最低体重3Kg，病种涵盖肺静脉异位引流，肺动脉闭锁，右室双出口、三尖瓣下移、永存动脉干、主动脉缩窄、主动脉离断、大动脉转位等目前国内只有少数大型心脏病中心才能治疗的多种疑难复杂畸形，手术成功率达99%以上。在省内先心病治疗水平目前位居首位，保持着手术患儿体重最轻、病情最重、畸形最复杂等多项记录。2012年经卫生厅考核批准成立了“吉林省小儿心脏外科中心”。这标志着医院在小儿心脏病外科治疗方面在省内的权威地位的确立。同时，自2012年开始，医院作为吉林省援藏医疗定点单位每年定期对西藏地区的先心病患儿提供医疗援助，在省政府的组织下派出心脏外科专家到西藏地区进行先心病筛查并接往医院进行了手术救治，每年都圆满完成任务，手术成功率100%。
　　为满足我省广大贫困家庭的先心病患儿的救治需求，自2011年开始医院开始受省内外多家公益机构的委托，对省内符合条件的农村患儿或者城镇户口低保先心病患儿免费治疗。到目前为止已完成500多名先心病患儿救助手术。
　　目前科室现有医生6名，半数以上具有高级职称，配备专职麻醉师5人（儿童麻醉师3人，成人麻醉师2人）、专职ICU医生3人。病房专科护理团队13人、ICU专业护理8人。配备先进的进口呼吸机、监护仪、体外循环机、麻醉机、除颤器、临时起搏器、微量输液泵等设备以及心脏百级专科手术间。