吉林大学中日联谊医院胃肠外科是在原基本外科基础上成立起来的省内第一家以胃肠疾病为医疗和研究中心的科室。科内有博士研究生导师1名，硕士研究生导师4名。每年培养博士、硕士研究生3~5名。科室承担部、省级科研课题20项，在国内外权威杂志和专著上发表论文150余篇，获科研、医疗成果奖15项。承担七年制硕士班、医疗本科生、成人教育、高等护理教学任务，并负责全省胃肠外科医生的研修和培训。
　　科室自2005年成立以来，以科研促进临床发展，多次请国内外著名专家、学者来院、来科讲学，与日本东北大学、东帮大学等外科教研室建立了友好协作关系，科内多数医生曾留学或访问过上述大学。科室内每月定期开展新理论、新技术研讨会。在国内改良了全胃切除后食管空肠吻合方式，率先开展了肠梗阻导管、胃、小肠、结直肠疾病三维成像新技术、新疗法，在省内率先开展了胃、结、直肠腹腔镜手术等新技术和新疗法，其中腹腔镜下胃、小肠、结肠穿孔修补术在省内首屈一指。病床数已由科室刚成立的30张发展成106张。
　　胃肠道恶性肿瘤性疾病一直是科内治疗和研究的重点。为使胃肠道恶性肿瘤的诊断和治疗国际化、标准化，对胃癌手术术中分期的判定、胃癌淋巴结的转移规律、消化道重建方式的选择、低位直肠癌的保肛手术、结、直肠癌根治术中的植物神经保护，以及肠、内外营养的临床应用等方面做了大量临床研究，开展了胃、结肠癌的扩大根治手术和微创外科手术，均取得满意成果。目前，科内每年完成复杂的胃肠外科手术千余例。在基础研究方面，针对幽门螺旋杆菌、自由基、活性氧、粘附因子、p53、p21、ras、内皮生长因子与胃癌的关系， p53、bc12、cyclinD1基因与结肠癌的关系，以及各种肿瘤标记物均做了较深入研究，取得多项研究成果。
　　近年来对晚期消化道恶性肿瘤开展了肿瘤近距离放射（体内伽玛刀）治疗，显著提高了晚期消化道肿瘤病人的生存期，是我国东北地区唯一一家能开展此项技术的单位。对消化道少见疾病，如胃淤积综合症、炎性肠道病、胃肠道间质肿瘤、结肠冗长、家族性息肉病的治疗也取得了丰硕的成果。另外，对腹部严重外伤的诊断、抢救治疗具有丰富的临床经验。
　　科室深入贯彻了以人为本，仁心良术的院训。在临床教学工作中，强调教师的表率作用，言行身教，培养了众多高素质的青年医务工作者。针对不同期间实习同学的特点采取一对一传、帮、带的教学模式，在老师的严格监督下给予同学更多的实践机会，培养出一批又一批优秀的临床医学毕业生，多次被院内评为最佳教学科室。护理队伍已形成老、中、青三代结合，以年轻敬业护士为主体的一流护理队伍，常年接受各种护理培训，在校、院各种护理知识和技能竞赛中获得优异成绩，在历次省、市卫生系统举办的患者调查问卷中，满意率均为100%。现在，科室已形成团结、互助、奋发进取的团队，将在未来的医疗、科研和教学工作中取得更辉煌成绩。