晋江市医院晋南分院儿科成立于2010年7月，我科设于医院住院部3楼，建筑面积约1900平方米，设置病床45张，病房为双人间、三人间及四人间，每间病房内均设有单独卫生间、数字电视、衣物柜等。科内另设有护士站、护士治疗室、医生办公室、科主任办公室、护士长办公室、医生值班室、护士值班室、实习生值班室、教研室、示教室等，并设有新生儿病区。在门诊二楼设有儿科专家门诊、分有呼吸内科诊室、消化内科诊室，新成立的门诊雾化室可同时容纳20人做雾化，并可完成鼻腔冲洗、鼻腔吸引、中医定向透药治疗，另有呼出气一氧化氮检测室，听力筛查室。
　　科内目前设有呼吸内科专业、消化内科专业、新生儿科专业，包括设备有：新生儿恒温箱3台，新生儿蓝光治疗箱2台，LED蓝光治疗仪2台，经皮胆红素测定仪2台，新生儿辐射台2台及心电监护仪7台，呼出气一氧化氮测定仪1台，新生儿听力筛查仪1台。
　　全科现有医护人员27人，其中副主任医师3人，主治医师3人，住院医师7人；主管护师1人，护师5人，护士8人。
　　呼吸内科专业：本专业侧重解决小儿呼吸道疾病的临床诊断、治疗和预防工作，并承担这一领域的科研及教学工作，对于支气管哮喘、慢性咳嗽、反复呼吸道感染等常见病、多发病的诊断、规范化治疗和临床指导。同时建有儿科呼吸专科门诊、配有门诊雾化室，并拟建立哮喘诊治中心，新开展的鼻腔冲洗、鼻腔吸引可应用于鼻腔及鼻窦的各种疾病的治疗中。目前承担泉州市科研项目《呼出气一氧化氮（eNO）与喘息之间的相关性研究》。
　　消化内科专业：擅长小儿消化道疾病、对临床上反复慢性腹痛、恶心、呕吐、食欲不振、腹泻、便血、消瘦等症状的诊断具有丰富的临床经验；逐步开展小儿全消化道疾病、胃肠动力性疾病和功能性消化不良和小儿慢性腹泻等的研治工作。不断提升对疑难少见病例的诊断和治疗水平。
　　新生儿科专业：本专业能开展常见病、疑难病、危重病例的抢救、治疗，对新生儿肺炎、缺氧缺血性脑病、新生儿窒息、新生溶血、病理性黄疸、胎粪吸入综合征、新生儿颅内出血、新生儿硬肿症、早产儿、低出生体重儿等有丰富的临床治疗经验。