泌尿外科是国内儿童医院中开设专科病房最早的科室，也是湖南省唯一的小儿泌尿专科病房。多年来，我科坚持走临床与科研相结合的道路，已逐步形成了以小儿为为主体，以技术为先导，以服务为桥梁的专科特色。目前，我科设病床50张，以小儿泌尿生殖系统疾病为业务主体。经过多年来的不懈努力，专业技术水平取得了飞速发展，达到了国内领先水平，尤其在小儿泌尿生殖系畸形、肿瘤以及结石的诊断和治疗上取得了可喜的成绩，赢得了病人以及同行的充分肯定。1989年，我科首次将流体力学薄壁管原理应用于各型尿道下裂的治疗，使尿道下裂一期手术成功率达90%，并在“尿道下裂SRY基因研究”以及“隐睾组织相关原癌基因的研究”等课题研究方面取得了重大的进展1998年以来我科通过网络与有关妇幼医院协作，开展肾盂输尿管连接部梗阻的手术治疗，手术成功率达100%;1999年8月我科与北京儿童医院一起在全国率先将腹腔镜应用于小儿泌尿外科，开创了省内腹腔镜应用于小儿泌尿外科（含成人泌尿外科）的新纪元。目前我科医务人员已具备丰富的腹腔镜操作经验，所以腔内泌尿外科手术成功率达95%以上，居国内领先水平。
我科在儿童肥胖及性发育监测与治疗方面也取得了可喜成绩，目前是我国南方地区唯一的儿童性发育监测与治疗中心