1984年我院在泉州市率先开设小儿外科，该科现已发展成为全市规模最大、医疗设施齐全、技术力量雄厚，集医疗、科研、教学、保健于一体的临床学科。

该科的工作范围包括从出生到18岁所有的外科问题，解决这个年龄组的全部外科疾病的防治以及相关的基础医学的研究。小儿和成人一样，全身各器官均可患病，也就是说成人有的外科疾病小儿大部分都有，同时各种先天畸形绝大多数均需在新生儿和婴幼儿期进行矫治，这是小儿外科的一个独特部分。二十年来，我科肩负着泉州市小儿外科疾病诊治的重担，同时协助指导市、县级医院对小儿外科疑、难、危重疾病的诊治，并培养了一批专业医生。我科现拥有主任医师、副教授2名，主治医师2名，住院医师1名， 5位医师先后到北京儿童医院、南京儿童医院、武汉同济医院小儿外科深造学习。固定床位15张，设置专科门诊。开展小儿普外、新生儿、矫形、泌尿、普胸、肿瘤等方面的手术。不断拓展专业技术领域，在临床医疗、科研、教学、保健等方面均取得了较丰硕的成果。发表国家及省级论文30多篇。《巨结肠根治术式改进的研究》及《HE染色结合NSE和S-100免疫组化在巨结肠类缘病诊治上的意义》二项科研成果分别荣获福建省卫生厅医药科技进步二等奖和泉州市人民政府科技进步二等奖。