哈尔滨医科大学附属第二医院小儿外科始建于1957年9月。为全国最早成立小儿外科的医院之一，亦是我省第一家小儿外科专业，为我省小儿外科的学术牵头单位和科研中心，以历史悠久，医术精湛、设施先进、优质服务著称。现有床位40余张，设有小儿普外、小儿矫形、小儿泌尿、小儿普胸、新生儿等5个专业组。拥有优秀的医疗队伍,现有教授4名，副教授3名，主治医师2名，住院医师2名。其中享受国务院特殊津贴1人、博士研究生导师1人、硕士研究生导师2人；具有博士学位者5人、硕士学位者3人，1人正在攻读博士学位。
　　小儿外科有着辉煌的历史，第一任小儿外科主任何应龙教授是我国小儿外科的奠基人之一，曾担任《中华小儿外科杂志》副总编。历届小儿外科主任分别担任过黑龙江省小儿外科学会主任委员、中华医学会小儿外科学会委员、中华小儿外科杂志编委。全国小儿外科第一次肝胆胰疾病研讨会由我院小儿外科主办，2009年又承办了第二届东北三省小儿外科学术研讨会，这是我科在全国拥有较高学术地位的体现。
　　儿外科先后承担国家科技支撑计划子课题1项、国家教育部课题1项、国家自然基金1项、省攻关课题3项、省青年基金课题1项、省自然基金课题1项、省博士后基金1项、省教育厅海外学人课题1项、卫生厅课题3项、省教育厅课题2项、哈医大二院基金课题3项。自1980年至今,我科共获医疗新技术奖30项次,科研成果奖12项。其中,省政府科技进步二等奖2项,三等奖3项，四等奖2项。其余为省医药卫生科技成果一、二、三等奖奖励。发表学术论文200余篇，其中SCI收录8篇、中华小儿外科杂志等国家一类刊物发表的学术论文150余篇。