哈医大二院儿科创建于1955年，经过50多年几代儿科人的努力，在黑龙江省儿科学界处于领先地位，享有很高的学术地位和影响力，较早被国家授予儿科学硕士、为黑龙江省唯一儿科博士学位授予点，是黑龙江省目前唯一的儿科专科医师培训试点基地，参与国家十一五规划教材编写一部，近年来该科发表SCI论文3篇、国家重大科学技术支撑项目1项、国际合作项目1项、获国家教学成果奖1项。
　　儿科现有26名医师、38名护士。其中主任医师、教授9名；副主任医师、副教授4名；主治医师、讲师9名；助教、住院医师5名。其中博士研究生8名，硕士研究生16名，在读博士研究生7名。
　　儿内科共有8个专业组：儿童保健、新生儿、神经内分泌、呼吸、血液、消化、心血管及泌尿专业组。儿科医疗设备齐全：科内设有人工呼吸机、24小时脑电监护仪、心脑监护仪、新生儿高压氧舱、心电机等设备，技术力量雄厚。儿童保健专业成功承办了几届全国佝偻病防治大型会议，神经组积极开展脑瘫和癫痫病的防治工作，1986年起检测抗癫痫药物浓度的监测指导癫痫患儿科学用药，深受广大患者的好评，小儿癫痫治疗形成了自己的特色；成立了癫痫治疗中心，使广大患者得到了及时、准确的治疗。新生儿组与产科密切配合，建立了新生儿长期随访制度，该组技术力量雄厚，后备力量强，在治疗新生儿缺血缺氧脑病方面形成了自己的特色，在新生儿疾病治疗及高危儿的抢救方面技术力量雄厚，该科新生儿专业近几开展了新生儿PICC、新生儿换血疗法、肺表面活性物质治疗新生儿RDS、鼻胃管持续泵入法救治极低出生体重儿、早期干预治疗新生儿缺氧缺血性脑病、新生儿行为神经测试等技术。血液组通过对儿童白血病进行MICM分型研究、头皮针胸骨骨穿、HDMTX预防小儿脑白血病、MTX药物浓度监测等对小儿白血病治疗取得了很好的成果，使白血病长期生存率大大得到提高，无病生存的白血病患者人数越来越多。呼吸组对呼吸系统各种疾病的治疗有特长，近年开展了小儿纤维支气管镜，尤其在哮喘的治疗方面有自己的专长，并且在省内建立起了联系网，使哮喘患儿得到及时准确的治疗。泌尿系统在黑龙江省积极开展肾检技术，小儿血液净化治疗等项目使肾脏病人的诊断更精确，有据可依，治疗恰当及时。对重症病人的抢救成功率明显提高。