华西口腔医学研究始于1936年成立的华西协合大学医牙研究室,1949年扩建为口腔病研究室,1958年成立口腔医学研究所,1983年成立口腔医学中心实验室,1989年建立卫生部口腔重点实验室,2002年建立教育部和四川省重点实验室。2007年科技部批准建设口腔疾病研究国家重点实验室,以严重危害人类健康和生存质量的口腔疾病发病机制和临床防治新技术为主线,凝练研究方向,汇聚研究团队,组织多学科联合攻关,开展广泛国内外合作与交流,已成为连接中国与世界一流口腔医学研究中心的桥梁;2012年国家发改委批准建设口腔再生医学国家地方联合工程实验室;2012年科技部认定为国际联合研究中心;2013年教育部批准建设口腔转化医学工程研究中心,形成了从基础探索到转化应用的高水平研究平台;2013年教育部批准建设高等学校学科创新引智基地;2016年科技部、卫计委、中央军委后勤保障部、食品药品监管总局批准建设国家口腔疾病临床医学研究中心 。2009年创办International Journal of Oral Science英文杂志,2010年被Science Citation Index Expanded (SCIE) 数据库和PubMed(MEDLINE)收录,成为国内第一本SCI收录口腔医学英文杂志,影响因子位居全球口腔医学SCI期刊Q1区。2013年创办Bone Research 英文杂志,2014年被SCI数据库收录,影响因子位于本学科亚洲第一。同时,两本杂志均为Nature系列合作期刊并双双入选“中国科技期刊国际影响力提升计划”。医院发表SCI收录论文数、SCI论文被引用数、“表现不俗”论文数等各类论文统计数据连续4年进入全国医疗机构排名前30,在全国口腔医学领域排名第1;连续四次蝉联中国医院科技影响力排行榜(口腔医学)第一名。