新生儿外科是我院重点专业，由国内知名专家和中青年业务骨干组成。学科带头人马继东主任医师，任中华小儿外科学会委员、北京市产前诊断技术专家委员会专家等。我们发扬医疗、科研和教学相结合的优势，使本专业保持在国内学术界的较高知名度和影响力，临床治疗处于国内先进水平。

新生儿外科是小儿外科领域唯一以年龄为依据划分的专业，病种几乎涉及各个器官系统。其工作重点是对于各种先天性畸形的诊治。典型疾病包括：食管闭锁、先天肥厚性幽门狭窄、十二指肠狭窄、肠旋转不良、先天性巨结肠、直肠肛门畸形、胆总管囊肿、脐膨出、腹裂、膈疝、部分泌尿系畸形、运动系统畸形及各种发生于胚胎期的肿瘤等。以上绝大部分疾病经过治疗可以得到康复。

近年，我们在国内率先提出了先天性畸形早期诊断与治疗的理念。并与产科专家合作开展了先天性畸形的产前咨询(接受产前诊断畸形儿家长的咨询)，建立了畸形儿转运的绿色通道和早期诊断、早期手术治疗的先进医疗模式。使先天性畸形的整体管理与治疗水平进一步得到了提高。