小儿外科是赣州市唯一专业从事小儿外科医疗中心。为广州市儿童医院及江西省儿童医院协作医院。现有主任医师1名，副主任医师3名，并具有一批专业素质高、业务能力强的护理队伍。我院小儿外科已建设成为具备新生儿外科、小儿普通外科、小儿泌尿外科等专业特点的综合性科室。为赣州市儿外科重点建设专业学科。常规开展小儿各种急腹症，体表、颈部及腹部肿瘤，胃、小肠、肝胆、结肠、直肠、肛门、泌尿系统等疾患手术。如小儿急腹症、消化道梗阻、消化道出血、消化道穿孔、腹部肿瘤、腹部外伤、消化道畸形（如脐膨出、腹裂、先天性膈疝、先天性食管裂孔疝、幽门肥厚、肠重复畸形、麦克尔憩室、先天性肠闭锁、先天性巨结肠、先天性肛门直肠畸形）、后天性肛前瘘、肛门狭窄、胆道结石、胆总管囊肿及泌尿系先天性畸形：肾盂输尿管连接部畸形、重度肾积水、重复肾重复输尿管畸形、肾发育不良、尿道下裂、隐匿性阴茎等手术。门诊开展小儿包茎气囊扩张、包皮环套术、尿道口囊肿、血管瘤硬化剂注射等治疗及手术。