广州市儿童医院内分泌代谢专业成立于八十年代初，先后建立了内分泌代谢专科门诊、内分泌代谢病房和内分泌代谢实验室，一直由具有丰富临床和实验室经验的内分泌专科医师主持工作，现有主任医师2人，副主任医师3人，主治医师2人，住院医师2人，在读研究生5人，专科护士6人，检验师2人，检验士1人，均受过专科培训，具有丰富的临床经验。

内分泌代谢专科门诊主要诊治生长发育落后、身材矮小、消瘦、肥胖、性征早发育、青春期延迟、多饮、多尿、甲状腺肿大、甲状腺功能减低、甲状腺功能亢进、甲状旁腺功能异常引起的低钙、高钙、低磷血症和骨质疏松、肾上腺皮质增生、肾上腺皮质功能低下、代谢异常性佝偻病、糖尿病、低血糖、有机酸尿症、氨基酸血症等儿童内分泌遗传代谢缺陷性疾病。内分泌专科门诊星期一至星期日七天均有副主任以上专科医师主诊，每年诊治数千来自广东省、湖南、江西、广西、福建等地区的内分泌病孩。

内六病房开放床位四十三张，环境干净舒适，内分泌代谢病人病情需要者可入住病房诊治。实验室有化学发光检测仪、酶标仪、PCR仪、气相色谱质谱仪、糖化血红蛋白检测仪等仪器设备，开展了甲状腺激素及其抗体、性腺激素、肾上腺皮质激素、垂体激素、胰岛素、C肽、糖化血红蛋白、尿微量白蛋白、尿β2微球蛋白、尿先天性遗传代谢缺陷病筛查诊断等数十多种内分泌代谢检验项目，可当日或次日发放检验结果。是广东省技术力量和设备较为强大和齐全的儿童内分泌代谢专科，每年接收多名医师进修学习，承担2～3个省市级科研项目，发表学术论文数十篇。