广医三院胃肠外科作为普通外科最传统的基础专科几乎与柔济医院同龄，成立于1959年，医院首任华人院长王怀乐博士就是当年广州市杰出的普通外科医生。在他的主持下他们是广州市最早完成胃大部分切除和甲状腺手术的科室之一。并于2009年成立了疝治疗中心。他们一直秉承“柔心济世，尚道精医”的院训、“患者第一 服务至上”的科室文化。
　　该科近20年在结直肠癌诊治及研究领域展现出长足的进步，胃、结直肠肿瘤的腹腔镜手术的根治性和微创的优越性得到了普遍认可。他们的临床专业领域涵盖腹部外科、肛肠外科、甲状腺外科范围，是其他学科领域的基础枢纽。目前胃肠外科设有病床31张，每年门诊量为3000人次、手术近千台次、出院1500余人次。
　　现任科室负责人为伍尚标主任医师，共有医生6名，其中主任医师2人，副主任医师2人，硕士生导师1人，在读硕士研究生3名。护士22名，拥有造口专科护士及结直肠肿瘤随访护理专业组跟踪服务。该科已形成一支具有良好服务精神、临床经验丰富、腹部外科微创手术实力雄厚的临床诊疗团队，开展直肠癌超低位吻合等各种保肛手术；应用全直肠系膜切除术（TME）保护盆腔内脏神经，患者的性功能和排尿功能得到很好保护；超声刀和各种吻合器的应用，提高了肿瘤切除率，减少手术过程出血，使消化道重建更便捷，大大降低吻合口瘘、狭窄的并发症。TME/完整结肠系膜切除（CME）/环周切缘（CRM）/肛提肌外腹会阴联合切除术（ELAPE）等理念和临床实践保证了结直肠手术的根治性；科室还开展胃肠道、甲状腺肿瘤的多学科的诊断与治疗，特别是结直肠癌高风险人群的早诊早治研究、分层综合治疗、手术及腔镜微创治疗、结直肠癌放疗后复发及残留等项目有明显的特色，结直肠癌防治水平在广州西部区域处于领先地位。
　　近年来相继开展的全直肠系膜切除术（TME）、低位直肠癌保肛手术、直肠癌术前放化疗、腹腔镜结直肠癌根治术、良性或早期恶性直肠肿瘤经肛门微创切除术（TEM）等技术，大大提高了保留肛门的机会。为了预防消化道肿瘤术后肝转移及腹腔种植，科室开展以5-Fu为基础的术中肠腔化疗、门静脉灌注化疗、腹腔热灌注化疗、术后持续门静脉灌注化疗、5－Fu缓释剂植入等项目。他们治疗手段是以外科手术为主，强调综合治疗，包括术前放化疗、术中化疗、术后放化疗等、分子靶向治疗等。在结直肠肠肿瘤早期发现、早期诊断、减少术后复发转移、提高生存率等方面积极探索，取得了良好的效果。