广东药学院附属医院胸心外科起步于50年代，现发展成为能够诊治几乎所有心胸外科常见疾病专科。已成功地进行了三百多例心脏手术。成功开展的心脏手术有“先天性心脏病矫治术”（包括紫绀型复杂先心病），风湿性心脏病、心瓣膜病的心瓣膜置换术，冠心病的冠脉搭桥术，心脏手术最小年龄做到10个月，最大年龄67岁。尤其在复杂先心病和重症瓣膜外科手术有较好的成绩。2005年我院与香港海景扶轮社签订“救心行动”协议书，成为国际扶轮社香港海景分社在广东开展“救心行动”指定医疗机构，为贫困的先心病儿童奉献我们的爱心。
　　广东药学院附属医院普胸外科方面：我科根据肺癌、食道癌临床分期以及个体化治疗的原则，开展以手术治疗为主，术前新辅助化疗、术后辅助化疗、放疗以及免疫治疗为辅的综合治疗，为肺癌、食道癌患者提供全程一站式服务，并能进行胸腔镜微创手术、食道支架植入、气管支架植入术，对不能手术的晚期食道癌采用食道支架植入+放疗取得一定的疗效。我科的“体外循环心内直视手术”获集团公司科技进步三等奖。并有多项成果获医院的科技新技术奖。业务技术水平达到国家三级甲等医院标准。