中医科是本中心重点学科之一。现有博士1人，硕士6人，本科4人，其中主任医师1名，副主任医师2名，主治医师3名，住院医师5名，额定床位40张。目前为“国家中医药管理局中医药防治新发突发传染病重点研究室暨临床基地”、“国家中医药管理局中医药治疗艾滋病临床试点项目”、“上海市中医临床优势专科(慢性重型肝炎)”、“上海市综合医院中医科达标建设项目”。

中医科结合中心以治疗传染性疾病为主的医疗特色，充分发挥中医中药优势。积极参与各种新发突发传染病，如艾滋病、甲流H1N1流感、手足口等传染病的救治工作，充分发挥中医药优势，采用古方与辨证方相结合的原则，进行临床观察及科研。开展中医药在肝病领域尤其是肝纤维化肝硬化、慢性重型肝炎、丙型肝炎和原发性肝癌等严重影响人民健康的且中医药具有潜在治疗优势的病种为抓手，从发病机理、诊疗方案、疗效评价标准等方面进行深入广泛地研究。争取在这些领域有所创新，有所发现，通过科学研究提升临床水平，提高综合救治能力，通过临床实践去发现科学问题，形成临床-科研的良好循环。

中医科临床诊治中运用复方芪术汤结合辨证论治治疗脾虚型艾滋病，在一定程度上提高了改善了艾滋病患者的生活质量;以综合治疗辅助我科经验方“消黄方”、“通腑逐瘀方”，以利胆活血退黄疸，以通腑逐瘀减少内毒素的吸收,减少了重型肝炎相关并发症，提高患者存活率，为中西结合治疗慢性重型肝炎开辟了新途径。从未病先防、既病防变、病后防复发等角度，将中医“治未病”思想贯穿于重型肝炎的预防与治疗，在疾病的各个阶段给予不同的干预措施，预防疾病的发生、发展，进而稳定、逆转，延缓和减少本病的发病率、促进患者康复，提高患者总的生存率。