消化内镜室位于福清市医院元洪门诊四楼，从成立初（1980年）一台纤维胃镜发展到目前拥有日本进口的奥林巴斯电子胃镜1台、日本进口的宾得电子胃、肠镜各1台；一套迈尔内镜洗消中心，一台日本奥林巴斯高频发生器，扩张器，胃石切割器等内镜治疗设备和配件。本科室团结奋进，设备先进。现有副主任医师1名，主治医师1名，医师1名，均有多年丰富的内镜诊疗技术 本科室在福清市率先开展了各种的内镜检查以及内镜治疗技术。1.胃、肠镜检查；2.色素镜检查；3.无痛胃镜检查； 4.经内镜消化道异物取出术；5.经内镜消化道出血止血术（喷洒止血术、注射止血、高频电凝止血术、钛夹止血术）；6.经内镜消化道息肉摘除术（高频电凝、电切息肉、尼龙圈套结扎息肉）；7.经内镜胃石切割术；8.经内镜空肠营养管置放术；9.经内镜食管良、恶性狭窄扩张术以及支架置入术；10.贲门失弛症气囊扩张术；11.经内镜胃造瘘术等。使部分病例原本需要外科开刀手术的患者，在内镜下得到高效、安全、无痛苦的治疗。业务量逐年递增，其本上可以满足患者的需要。