福建医科大学附属协和医院消化科在我国著名消化系疾病专家陈锡谋教授、林谷珍教授、王小众教授的先后领导下不断得到发展，现已成为福建省消化系疾病临床诊疗中心之一。消化内科学是协和医院的重点学科，现拥有53张病床的独立消化病区、消化内镜室、胃肠功能检查室及专科门诊。学科现有主任医师5名，副主任医师6名，主治医师1名，住院医师2名，其中博士学位9人，拥有很强的人才梯队和师资力量。综合实力在福建省消化系病领域保持领先的地位。现任科主任为王小众教授，系博士生导师，国务院特殊津贴专家，福建省百千万人才，福建医科大学附属协和医院副院长，中华医学会消化病分会委员，中国医师协会消化系疾病分会委员，福建省医学会常务理事，福建省内科学会副主任委员，福建省中西医结合肝病学会副主任委员，《World Journal of Hapatology》、《中华胰腺病学杂志》、《中国医院用药评价与分析》、《福建医科大学学报》编委，《世界华人消化杂志》常务编委，是福建省消化系疾病的学科带头人。长期从事消化系疾病的临床、科研与教学工作，积累了丰富的经验。发表论文近百篇，其中在SCI引源及Medline收录杂志上发表的有34篇；主编或参编了多部著作；曾7次荣获省科技进步贰、叁等奖。
　　消化科作为福建省的消化系病临床诊疗中心，消化专科年门诊量超过60000人次，每年收治超过1200名的消化系疾病住院患者，其中福建省内及周边省份的外埠患者占相当比重。住院确诊率超过98％，病床周转次数在30次左右，病床使用率超过98％，消化系疾病的病种齐全，成功救治了大量消化系急、危、重症患者，在上消化道大出血、急性出血坏死性胰腺炎、肝硬化肝性脑病、严重败血症、休克等危重病症的抢救治疗上达到省内最高水平。
　　消化内镜室与胃肠功能检查室拥有最新型Olympus电子胃、肠镜，电子十二指肠镜，PENTAX扇扫与纵轴超声内镜，OMOM胶囊内镜，日立彩色超声及13C红外能谱分析仪等大型诊疗设备与仪器，每年开展的胃、肠镜检查与治疗达17000人次以上。开展的消化道息肉切除，消化道狭窄的扩张及内支架置入，贲门失弛缓的内镜下介入治疗，胰胆管疾病的检查和内镜下微创治疗等，使该院的内镜下的介入治疗技术达到国内同级水平，省内先进水平。为提高福建省超声内镜诊断水平发展超声内镜新技术、提高内镜治疗水平，该院内镜室成功举办了3期国家级超声内镜及内镜治疗培训班。
　　消化内科背靠福建省消化系疾病研究所，主持承担了国家基金及省自然科学基金及省、厅级科研课题47项，现有科研经费达300万元，已在SCI引源及Medline收录杂志发表文章40余篇，近年来获省科技进步奖共7项。现已在肝纤维化的发病机制与治疗、乙肝病毒分子病毒学与致癌机制、胃癌的实验与临床研究上形成学科的重点研究方向，目前在研的省厅级课题有15项。学科现有内科学消化系病专业博士点与硕士点，为目前福建省消化系病专业博、硕士研究生的主要培养基地。