超声科成立于1980年，现有29名工作人员，由国家级专家、国务院政府特殊津贴专家、教授、主任医师等专家、博硕士组成的，集临床、科研、教学、质量控制于一体的超声专业团队，是福建省超声医学研究所、福建省超声医学质量控制中心、福建省医学会超声医学分会挂靠单位，福建省超声医学培训基地，协和医院重点学科。
　　超声科拥有各类功能超声诊断仪，具有彩色多普勒超声、实时三维超声、弹性成像、超声造影、影像融合导航等功能，其功能具有国际先进水平,满足专科、临床开展各种技术项目需要。各专业组开展常规腹部、产科、浅表器官（甲状腺、乳腺、涎腺、男科、眼科等）、血管、肌骨及其他器官组织超声检查，开展超声造影、三维超声、腔内超声、术中超声、床边超声检查，开展超声引导下器官、组织病灶穿刺活检、置管引流、肿瘤注射药物等介入性超声诊断与治疗。超声专业诊疗水平处于省内领先、国内先进水平。超声科2013年诊疗超过14万人，诊断符合率达90%以上。
　　遵循“严谨、求精、勤奋、奉献”的协和精神，坚持创新，开展科研工作，重点研究方向有：（1）肿瘤超声诊断、介入治疗与临床研究，包括超声介入无水乙醇量化治疗肝癌，复方聚桂醇介入治疗肝癌的基础与临床研究，胃间质瘤新辅助化疗前后疗效的穿刺活检、超声造影评价等；（2）甲状腺疾病、乳腺疾病、男科疾病、不育症超声诊断与基础医学研究，包括对甲状腺结节的超声征象进行系统分类（TI-RADS）及标准化评分，拟定恶性危险度分级方案，并推荐相应的处理对策。选择性甲状腺结节超声引导下细针穿刺细胞学检查。不同类型乳腺癌彩色多普勒超声诊断与治疗，乳腺癌与乳腺良性疾病超声鉴别诊断、乳腺癌超声表现与病理组织学关系等，不育症的超声诊断，阴囊急症的超声鉴别诊断；（3）肝脏纤维化程度超声评估（4）超声分子影像功能研究，新型高分子超声造影剂研制，超声生物效应介导肿瘤分子靶向治疗研究。
　　截止2013年，已发表SCI、中华医学系列杂志、CSCD等论文358篇，出版超声医学专著10部、合著9部，获得国家专利7项，获省部级厅级科研成果奖28项，其中省科技进步一等奖1项、二等奖4项、三等奖5项，获海峡两岸职工创新成果展金奖。承担省部级厅级科研项目共26项。已培养博硕士研究生44名。承担着全省超声医学专业质量管理控制及规范化工作，已举办国家级省级各类超声学习班77期，共为省内外培养中高级超声医务人员3800多人次，组织召开全省超声医学学术大会17次、超声医学质控会议11次。