药学部是集药品供应、教学、科研和管理于一体的技术职能部门，也是设有20多个功能室的全院最大科室之一，现有药学专业技术人员160名 其中主任药师3名，副主任药师12名 副教授4名，硕导1名，主管药师30名，博士4名, 硕士12名,现为福建省药学会副理事长单位，多人在国家、省级专业学会任职，担任药学专业期刊和教材的编委，在省内外具有较高的学术影响力。
　　药品调剂供应方面设有：门诊西药房、急诊药房、中药房、外科药房/静脉药物调配中心、中心药房、高干药房、临床试验药房，承担全院中西药品、消毒剂的采购、调剂和静脉营养液、细胞毒化疗药物的配制工作；承担外科、血液科及肿瘤内科所有静脉药物的集中调配工作；负责药品进入医院后的全程质量管理。
　　临床药学与临床药师培养方面：为国家卫生部临床药师培训基地，培训专业有心血管、抗肿瘤、抗感染及抗凝四个专业，面向全国招收学员；在省内率先开展临床药学工作， 有6名专职临床药师（心血管、抗肿瘤、抗感染、抗凝、营养及儿科专业）深入临床一线，参与临床用药的讨论、决策、监护及临床药师培训的带教等工作，同时负责药品不良反应的收集上报工作。在多个药房设立咨询窗口及各主任药师不同时段咨询服务，为患者和临床提供药品信息和合理用药指导；在省内率先成立血药浓度监测、肿瘤药敏实验室，常规监测药品的种类和例数均居于省内第一。
　　在教学科研方面：为福建医科大学药学院药剂学教研室及协和临床学院临床药学教研室的成员，拥有23名教师，其中，副教授4人，硕士生导师1人，博士4人，硕士8人。教研室成员教学经验丰富，先后承担了福建医科大学、福建省卫生职业技术学院等高校药学本科的专业课程授课及毕业专题带教任务，教授的课程包括《药剂学》、《药事管理学》、《生物药剂学及药代动力学》、《临床医学概论》、《药学英语》、《医院药学》、《静脉用药调配》、《药物经济学》和《循证药学》等，同时接受下级医院的进修培训、对口支援工作。药学部十多位药师主创编写了《安全用药指导手册》及其配套光盘，深受同行及患者欢迎。多名药师作为副主编、编者参加了人民卫生出版社组织的全国高等学校临床药学专业规划教材及高职大专院校教材《临床药学英语》、《药物经济学》、《药学服务知识与技能》及《医院药学概要》的编写工作，目前教材已正式出版发行并投入使用。药学部还拥有一批先进的科研仪器和设备，满足日常科研和工作的需要，开展了药物制剂、药物配伍、生物药剂学和药代动力学、药物经济学和循证药学等多领域的研究，多项研究成果参加国内外学术交流，深得同行好评并获得各类表彰。在省内率先成立药物临床试验药房，对试验用药品实行集中验收、保管与发放，并对药品的使用过程实施监控，获得药监局评审专家的认可与同行好评。近年多次与有关厂家合作成功开展I期药物临床试验，尤其在药物人体生物利用度与生物等效性试验设计和实施方面积累了丰富经验。