感染科是该县唯一集临床、科研、教学于一体的感染性疾病诊疗中心。位于嘉藻大楼一层，环境整洁，布局合理，消毒隔离严格。分为肝病、结核病和杂病3个病组，共设有标准化传染病房40床。坚持科教兴科，积极参与并组建了闽中西南肝病高端论坛，与省内外多家医院横向联合、互动，常态化进行院间的新技术交流，及时掌握国内外最新诊疗技术和专家共识，为患者提供最优质的医疗服务。拥有高素质的医疗专业队伍，医护人员25名，其中副高以上职称3人，中级6人，有数十篇论文在省级以上刊物发表，曾获市科技二等奖和巾帼文明岗。尤其是善宁持续静脉给药联合立止血喷雾治疗肺结核大咯血经南京医科大学推介，被全国许多医院应用于临床。经多年的技术沉淀，在病毒性肝炎抗病毒治疗方面形成专业特色，为患者提供专业、正规的诊疗方案，有效控制和延缓肝纤维化及肝硬化进程，显著降低了肝癌的发病率。 治疗病种 1）肝病：各型病毒性肝炎，重症肝炎、肝硬化，肝腹水，肝癌、肝性脑病，酒精肝，脂肪肝，药物性及其他原因造成的肝损害等。近期开展了围产期替比夫定抗乙肝病毒治疗，阻断母婴传播，效果显著。 2）结核专科：主要诊治各型肺结核、肠结核、结核性腹膜炎、淋巴结核、泌尿系结核、结核性脑膜炎、以及各种耐药结核；近年来在重症结核、大咯血、结核性脑膜炎、结核性胸膜炎、慢性纤维性空洞型肺结核、血行播散型肺结核及肺外结核方面取得新进展，治愈率高。在社会上取得良好声誉。 3）各种传染性综合疾病：流行性乙型脑炎、流行性脑脊髓膜炎、破伤风、流行性腮腺炎、出疹性疾病（水痘、风疹、麻疹、猩红热、斑疹伤寒等）带状疱疹；肠道传染病（感染性腹泻、细菌性痢疾、伤寒、）；肾病综合征出血热；登革热和脑囊虫病等疾病。 诊疗技术：诊治技术先进。引进电脑肝病治疗仪等设备，开展穴位水针治疗乙型肝炎，贺普丁治疗肝硬化功能失代偿期（HBV-DNA↑）。二早一综合抢救重症肝炎、吡喹酮长程治疗脑型囊虫病、善宁治疗肺结核大咯血、初治菌阴肺结核短程化疗、迪克菲治疗难治性肺结核、沙培林胸胫注入治疗难治性胸水、鞘膜内注入治疗结核脑。开展了甲型、乙型、丙型、丁型、戊型肝炎病毒标志物检测，肝纤维化指标检测，乙肝病毒DNA、丙肝病毒RNA等定性和定量检测，以及雅培试剂检测乙肝两对半结果可靠快速，对指导慢性乙型肝炎的抗病毒治疗效果的评估起着十分重要的作用。