中医科成立于1955年6月，属凤庆县人民医院始建科室之一，时有郑仕樵、苏东黎、何志等省、县名医坐诊，历经几代人的辛勤努力，现已成为集教学、医疗、保健于一体的一级临床科室。中医科设有针灸推拿门诊、中医妇儿科门诊、中医内科门诊，2013年10月新开设中医住院部，设置床位30张。科室现有医务人员23人，其中副主任医师1人、执业医师4人、医士2人、医师助理3人、康复理疗技士2人、主管护师2人、护士9人。
　　目前主要开展以下诊疗项目：1.针灸推拿治疗各种疼痛、感觉、运动障碍等神经系统疾病及骨关节系统疾病。如中风后遗症、面瘫、腰椎间盘突出症、颈椎病、肩周炎、肘膝关节退行性病变等；2.中医内科、妇儿科常见病、多发病的诊疗；3.开设有传统康复医疗为主配以运动（PT）治疗，物理因子治疗，作业（OT）治疗，言语、吞咽、认知（ST）等治疗的康复理疗中心，将配有专职的康复理疗师，以满足各种原因导致的肢体功能障碍、言语认知障碍等患者的康复治疗；4.根据四季变化及疾病发病规律开展中医特色治未病的诊疗和科室宣教工作。
　　科室注重人才培养，医务人员曾先后到省内外重点中医药大学附属医院及西医医院深造学习，并注重结合自己的临床实践总结创新，诊疗技术整体水平得到稳步提升，学科得以全面发展。中医科始终以“中医特色”为切入点开展医疗服务，其中“针灸理疗专科”深受患者信赖，服务范围延伸至耿马、临沧、保山等周边县市，并于2013年4月被市卫生局授予“市级重点特色针灸专科”称号。近年来有10余篇医学论文在省级以上医学类期刊发表，其中《温针围刺为主治疗无菌性肌腱炎临床观察》被评为2003年“中国中医药优秀学术成果一等奖”。经科室全体医护人员的共同努力将发展成为以针灸康复理疗为特色，集中医内科、中医骨伤科、疼痛科、脑病科为一体的综合中医科室。科室以“传承、弘扬、创新、发展”为宗旨。