血液组筹建于1954年，由吴茂娥教授负责，1956年吴教授支援重庆医学院，由丁训杰教授担任组长，1988年正式建立血液科，丁训杰教授任科主任。1992年卢珊教授担任科主任。1995年后主任是谢毅教授，2002年谢彦晖教授担任副主任。

建立初期血液科病房条件较差，设备也较简陋。随着医院的发展，1982年病房有了层流室，1986年成立了血液学研究室。血液科病房在2003年9月完成装修改建，现有病床28张，其中有层流无菌病床16张。血液科现在配置血细胞分离机、CliniMacs细胞纯化仪、液氮程控降温仪，流式细胞仪、多功能蛋白电泳仪、紫外光比色仪、PCR仪及细胞培养相关的仪器设备。

1980年在国内率先开展自身骨髓移植治疗急性白血病及晚期淋巴瘤，为晚期淋巴瘤缓解和长期生存开拓了新的治疗途径，是我国自身移植协作组南方片牵头单位。1985年与上海市血液中心及放射医学研究所等单位协作，在国内首先开展系统的胎肝造血干细胞移植研究，并治疗6例急性白血病，其中3例获得长期存活(2年以上)，获卫生部科学技术进步奖。1995年开展自身外周血造血干细胞移植，为国内南方地区最早开展此项技术单位;1996年完成上海市首例异体外周造血干细胞移植;同年8月完成全国首例非血缘外周造血干细胞移植治疗白血病，1998年获上海科学技术进步三等奖。受者已无病生存8年，达国际先进水平。现在上海市科委资助下对外周造血干细胞移植中供受者间的免疫耐受和过继免疫激活进行研究，以期提高血液肿瘤治疗的效果和安全性。在干细胞技术方面我科长期以来处在国内先进行列。

1985年起对上海地区对上海地区铁缺乏症、红细胞酶病、再生障碍性贫血、白血病喝血友病等开展大规模临床流行病学调查，摸清了上述疾病的患病率和危险因素，对开展一级预防和研究疾病发病规率有重要价值。其中急性白血病的预后研究提供了上海市各医院10年追踪数据，为攻克白血病建立了基础资料。有关造血系统疾病临床流行病学研究在国内处于领先地位，共获得市级以上科技进步奖5项，多次参加国际会议报告研究结果。

血液病研究室在血液病实验诊断方面积累较多的经验，2002年在国家学术和科技出版基金资助下出版了《疑难血液病细胞形态学诊断精要》，该书反应了我科在以形态学为基础的血液病诊断方面居于国内领先行列。目前，我科作为上海市血液学会协作组牵头单位，与美国科罗拉多大学合作在复旦大学建立了国际一流的中美联合临床分子生物学实验室，进行白血病、MDS、淋巴瘤和再障的WHO分型及苯致造血系统疾病病因学的研究，使得我们在血液病的分子生物学、细胞遗传学和免疫学诊断方面紧跟国际水平。

血液科每年诊治各种血液病人6000人次，其中住院病人450余人次。