医院有2个省部级重点实验室,分别为卫生部新生儿疾病重点实验室和上海市出生缺陷防治重点实验室。科研实力雄厚,近10年来,承担590项科研课题,纵向经费3.0亿元。包括国家重点研发计划、国家自然科学基金重点课题、卫生部行业专项、国家“863”、“973”、“十一五”、“十二五”科技支撑计划等重要项目。在《The Lancet》、《Pediatrics》、《Journal of Pediatrics》和《Pediatric Research》等重要国际学术期刊发表SCI收录论文893篇(近4年553篇),获省部级以上奖项44项。出版《儿科学》、《小儿外科学》、《实用新生儿学》、《实用儿童保健学》、《实用新生儿小儿外科学》、《实用新生儿护理学》、《小儿感染病学》、《现代实用儿科学》等五十余部重要专著。主办《中国儿科循证杂志》进入国家核心期刊,并与美国儿科学会协作主办《Pediatrics中文版》。