感染消化科是2000年由感染专业与消化专业合并而成立的。感染科于1985年成立后曾诊治了大量呼吸道、肠道感染性疾病。特别是在我国著名专家方鹤松教授的带领下，1978年开展了小儿腹泻的大量基础、临床科研，填补了我国小儿腹泻病方面的空白。先后获得国家新药发明二等奖，市科技进步二等奖，北京市科技进步一等奖，建国40周年百项优秀科技贡献奖。曾担任卫生部腹泻病专家咨询委员会委员，中国微循环学会常务理事，中华医学会北京儿科学会副主任委员，北京中西医结合学会理事兼儿科专业委员会主任委员。《北京医学》杂志副总编辑、《中国实用儿科杂志》副主编、《临床儿科杂志》编委、《武警医学杂志》编杂。比利时杨森国际医药研究委员会委员。方鹤松教授多年来曾发表论文200多篇，主编《微循环临床与实验研究》、《社区医疗儿科分册》、《世界传统医学儿科学》、主译《小儿急救医学》专题论文集。参与编著《褚福棠实用儿科学》、《儿科治疗学》、《儿科诊断治疗学》、《小儿急诊医学》、《现代儿科治疗学》、《实用临床儿科学》、《小儿内科学》等书。1992年负责起草制订《中国腹泻病诊断治疗》。对提高我国腹泻病临床诊断治疗水平起到了重要促进作用，2009年主编《小儿腹泻病学》。王树山主任曾发表论文50余篇，是中国医学会第十二届儿科学组感染消化组委员，曾任北京市预防医学会医院感染监控学会委员、中国保健科技学会专家委员、中国科普作家协会会员，主编《伤寒》、《痢疾》、《儿童传染病防治150问》、参与编著《儿科治疗学》、《现代儿科危重症医学》、《儿科疾病症状鉴别诊断学》、《儿科疾病误诊误治与防治》《小儿病毒性呼吸道感染与病毒性肺炎》、《实用医院感染管理手册》、《小儿生理与现代保健》、《儿童保健与常见病防治指南》、《身边的传染病故事》、《小康家庭保健诊疗手册》，负责起草制订我国国家标准：《白喉诊断标准及处理原则》、《百日咳诊断标准及处理原则》。1993年成立消化专业，在贾立英主任的带领下于1994年开展了小儿纤维胃镜检查，同年开展了小儿幽门螺杆菌血清抗体检查，1995年开展胃黏膜快速尿素酶试验及病理嗜银染色检测幽门螺杆菌，1997年与我国著名的董声焕教授开创了我所小儿13C-呼气试验检测幽门螺杆菌现症感染。该科对儿童的感染性、消化性常见病、多发病的研究为儿童的健康做出了贡献、为国家疾病预防中心提供了客观而有价值的资料，有利于国家对儿科疾病的控制和预防。
　　科室概况 ：感染消化科于1996年开展了和童胃、胆囊运动功能检查。2005年开展小儿电子胃、肠镜检查及无痛胃镜、肠镜及内镜下治疗。现有主任医师2名、副主任医师1名、主治医师2名、住院医师3名，其中4名有硕士学位。该科现有住院病床30张，分为消化和感染专业。设有感染消化门诊：分腹泻、呼吸道传染病、肝炎门诊、留观室、抢救室。设有独立的粪便检测、收费、划价取药部门。胃肠镜室、食道Ph检测室，腹泻患儿理疗室。
　　医疗工作：小儿呼吸道传染病、腹泻病仍然是影响社会及患儿生长发育的疾病，特别是腹泻病仍然是我国儿童四大常见病之一，其年门诊量达数万人次，完成了多项临床研究，通过对儿童腹泻病原的研究制定了其儿童常见腹泻的治疗原则，开展了腹泻患儿的物理治疗。对儿童幽门螺杆菌感染方面的研究仍坚持不懈，血清Hp抗菌素体IgG、IgM，13C-呼气试验、快速尿素酶试验、病理检测。2005年开展电子镜诊治，无痛胃、肠镜诊治。2006年开展了对哮喘、不明原因呕吐等疑似胃食管反流患儿的食道24小时PH监测。2007年开展超细胃镜诊治，大大减轻了因内镜的不适程度，更适用于婴幼儿。目前，开展了小儿肝活检等临床诊治项目，为儿童消化道疾病的诊治奠定了基础。