中心门诊是东莞市中医院成立较早的一个门诊部，科室齐全、技术力量雄厚，年门诊量达40多万人次，内设省名老中医诊室、专家专科诊室及中、西医内科、骨伤科、肛肠科、皮肤科、外科、妇科、乳腺专科等诊室。
设有专病、专科门诊。内科以省名老中医何炎燊主任中医师为首，拥有一批优秀的中医技术人才，有非常丰富的临床经验，对许多疑难杂症能药到病除，在广大患者中有着较高的威信。如：在东莞市享有较高声誉的内分泌专科（对糖尿病、甲亢等内分泌疾病的治疗，经验丰富、疗效理想、治愈率高）；消化专科（对消化系统的疾病，如溃疡病、慢性胃炎及各类型的肝病）；呼吸专科、神经专科、心血管专科、风湿病专科、血液科等。运用中西医结合的方法综合治疗，均取得令人满意的治疗效果，
骨伤科门诊拥有以骨科专家叶伟洪主任中医师为首的多名临床经验丰富的副主任以上医师，运用中西医结合的方法，对骨伤科的各种疾病进行治疗，疗效显著。
肛肠科门诊以中医中药为主，中西医结合治疗各种肛肠疾病，对常见病及疑难疾病积累了丰富的治疗经验。针对不同的疾病，采用内服中药、中药熏洗坐浴、中药灌肠等方法进行综合治疗，同时结合外科手术治疗各型痔疮、肛瘘、肛周脓肿等肛肠外科疾病，疗效显著。
皮肤科门诊是以中医中药为主要治疗手段的科室，以中医辨证施治结合西医的先进技术为病人提供科学疗效确切的治疗方案，使用膏、散、酊、洗剂等多种传统制剂，疗效显著。
外科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、妇科、乳腺专科门诊均由多年临床经验医师主持，对各科的常见病、多发病均能提供一流的治疗。