消化内科建科之前隶属于大内科。消化专业于50年代后期在内科初步形成。从50年代后期至70年代，消化系统疾病主要由邝淑文医师负责。当时专业设备简陋，只有硬式直肠窥镜，没有固定病床。1979年1月邝淑文医师退休。1981年许燕萍医师到中山医科大学第二附属医院参加全国第一界消化进修班一年。同年6月黄乃铎医师调入。1987—1988年先后后有邱小蕾、谢润勇、廖兆昌来科。1989年2月黄乃铎医师离科。1991年8月崔西安医科大学消化专业硕士研究生分配来科，1992—1993年有曾平湖、陈曼彤来科，1998—1999年有李兆滔、刘欣来科。

    1990年7月，新建九层住院大楼投入使用后，全院病床作了调整，消化、内分泌专业设在原外科五层楼二楼东侧，称内二去，设病床41张，其中消化专业20张。1992年初内科实行二级分科，改称为内二东，隶属于大内科。同年4月陈礼荣任内二科主任，孙炽津、刘玉韶任副主任，吕响玲任副护长。1995年3月许燕萍任副主任。1996年11月陈礼荣退休，许燕萍任主任。1998年6月28日消化专业从旧址文沙老院迁入新院后正式建立消化内科，设病床42张，许燕萍任主任。1999年崔西玉任副主任，2001年崔西玉任主任，邱小蕾任副主任。2002年病床增加到50张。