南京鼓楼医院风湿免疫科创建于1979年，是江苏省临床重点专科、南京市医学重点专科。编制床位42张(层流病床2张)，医护人员25人，其中主任医师2人，副主任医师4人，博士、硕士10人。
该科上世纪八十年代，在国内率先开展血浆置换治疗红斑狼疮、类风湿关节炎、硬皮病，用甲氨蝶呤治疗类风湿关节炎，率先开展干燥综合征的临床研究，用胸腺素治疗干燥综合征。九十年代，在国内率先开展红斑狼疮造血干细胞移植治疗。2007年3月在国际率先开展异体骨髓间质干细胞移植治疗红斑狼疮。目前狼疮干细胞的基础和临床研究处于国内领先水平。

　　近年来，风湿免疫科快速发展，先后建立了血浆置换室、免疫实验室、免疫检查室、层流病房，购置了血细胞分离仪、CD34细胞分选仪、程控降温仪、荧光倒置显微镜、高速冷冻离心机、深低温冰箱、PCR仪、酶标仪等一大批先进的仪器设备，是目前国内唯一拥有层流病房和全套设备，并能独立开展干细胞移植的风湿免疫科室。获卫生部科技进步一等奖1项，省市科技进步奖13项，主编专著2部，参编专著13部，发表论文近200篇。先后与美国、英国、日本、意大利同行建立了合作关系，可定期选派青年医师出国学习深造。