西南医院神经外科为我国六个(神经外科学)国家重点学科之一、全军专科中心、全军医学重点培育实验室，博士后流动站站内学科，博士、硕士授予权学科，国家神经外科专科医师培训基地。由3个普通神经外科病区、1个神经重症监护室(NICU)、胶质瘤治疗中心、脑血管病诊治中心、脑磁图与癫痫诊治中心、神经电生理室、高压氧治疗中心、实验室组成，开设床位160张，年手术2000余台次，工作人员156人，博士导师3名，硕士导师5人，教授5人、副教授5人，博士后2名、博士16名。科室现有8人分别担任中华医学会神经外科分会、中国医师协会神经外科分会等全国性学术组织的常委或委员。拥有脑磁图、视频网络脑电系统、动态脑电图、32导术中皮层及深部脑电监护仪、术中神经电生理监护系统、超大高低压氧舱群、神经影像导航系统、手术显微镜、脑室内窥镜、激光刀、超声刀、电磁刀等先进医疗设备，总值逾8000余万元。本学科在颅脑及脊髓损伤、脑肿瘤、脊髓肿瘤、脑血管病、癫痫、脑积水、帕金森病、三叉神经痛、面肌痉挛、脑瘫、脑或脊髓脊膜膨出、糖尿病神经病变等神经系统疾病微创外科治疗方面处于国内先进水平。

近五年来以第一完成单位获国家科技进步二等奖1项、军队科技进步一等奖1项、军队及省部级二等奖6项、军队及省部级三等奖8项，参与获得国家科技进步一等奖1项、二等奖2项、军队科技进步一等奖2项;承担了国家自然科学基金重点项目及面上项目、国家“863”重大专项、国家“973”及军队重点项目等42项，课题总经费达2500余万元。主编专著4部，参编学术专著30余部，发表论文600余篇，其中国外期刊(SCI)论文67篇。承办了第一、二、三届重庆国际脑血管外科及脑血管痉挛学术会议、全军第十一届神经外科学术会议、第二届世界华人神经外科学术会、第十届国际脑血管痉挛会议等大型学术会议8次，参会代表5000余人，境外代表400余人次。举办国家及军队继续教育学习班4次。先后培养博士后2名、博士研究生23名、硕士研究生56名、军队及地方医院进修生400余名，为我国培养了大批神经外科人才。

2005年以来科室荣立二等功2人，三等功6人，获全军院校育才银奖1人，获军队专业技术岗位津贴1人，获重庆市突出贡献中青年专家1人，获重庆市抗旱救灾先进个人1人，获“十一五”科技工作先进个人1人。2009年科室护士长鲜继淑获第42届国际南丁格尔奖章，胡锦涛主席亲自颁发奖章，是我国神经外科首次获此殊荣的护士，也是重庆市护理界唯一获此奖者，同时还先后获得了2008年感动重庆“十佳”人物及2009年重庆市争光贡献奖。