北京大学第三医院儿科目前是北京地区部属、市属三级甲等综合医院中建制最大的儿科之一。1984年被国家教委批准为硕士学位授予点;1995年被批准为博士学位授予点;2005年与北京大学第一医院儿科和北京大学人民医院儿科联合成立儿科学系,被批准为“211工程”重点学科;2010年与妇产科协作,被北京市卫生局指定为海淀区危重孕产妇及围产儿救治中心。2016年被北京市政府命名为市级危重新生儿转诊救治指定医院。
　　目前科室设置包括:新生儿重症监护病房(22张床位)、新生儿病房(30张床位)、普通儿科病房(28张床位)、儿科门急诊、儿童健康发展中心共5个部门;专业设置包括新生儿、重症医学、消化、呼吸、内分泌、神经、肾脏、心血管、风湿免疫和儿童保健共10个专业,其中新生儿和儿童保健为学科重点专业。在危重新生儿教治、早产儿综合管理以及食物过敏诊治等领域位于国内同行前沿;儿科消化、呼吸专业获国家药物临床试验基地认证。儿科坚持24小时门急诊开放,全年门急诊量超过20万,收治来自于全国各地的疑难危重患儿。儿科历年来获得省部级课题20余项,是一个集临床、教学和科研为一体的发展中的综合学科。
　　儿科现有工作人员128人,其中医生36人,主任医师8人,副主任医师9人,主治医师13人,护士84人,技术人员8人。现有博士生导师3人,硕士生导师3人。迄今为止,已培养博士和硕士研究生共60余人。