北京大学第三医院急诊科创建于1984年，是国内较早建立的大型综合医院急诊科。经过30多年的发展和积淀，北京大学第三医院急诊科在北京市乃至全国急诊医学界已具有较高影响力，近几年来重点围绕急危重症和疑难杂症的临床诊断和综合治疗，建立起一个完善的、科学的医疗应急网络体系，承担着北京市海淀区及远郊区县急危重症患者的转诊救治工作，逐渐形成了国内一流的危重症、疑难病的诊治中心。
目前科室占地逾5,000m2，包括抢救区域、就诊区域、留观区域、病房区域，配有专门的挂号、收费、病案、药房、检验、B超、X线、CT/MRI等部门，各种抢救设备齐全，技术先进，满足危重急症的诊治需求，拥有有创及无创机械通气、床旁血滤、血液灌流、有创动脉血压监测、PICCO和无创心排血流动力学监测、纤维支气管镜、心肺复苏后低温治疗、ECMO等先进技术和设备。
急诊科人员共160人，医生34人，其中博士9人，硕士25人，护士116人，既拥有知名心血管病专家郭静萱教授、呼吸病专家姚婉贞教授、消化病专家吕愈敏教授为客座教授，也有在国内急诊医学领域很有影响力的学科带头人郑亚安教授及马青变教授等一批年富力强的学科骨干，形成了不同专科领域技术团队（包括心脏病组、呼吸病组、消化病组、低温组、肾脏病透析组和中毒组），实行24h高年资主治医师及护士长在岗制，在疑难、危重症患者诊治中相互协作，相互协调，执行能力过硬，反应行动快速，是一个朝气蓬勃积极向上日益进取的团队。
在科研和教学方面，近些年也取得了较好的成绩，获得多项国家重大科研项目包括国家自然科学基金等资金资助，发表多篇有影响力的学术论著，是急诊专科及全科医师培训基地、急诊专科护士培训基地，承担八年制、本科生、研究生、专科医师、进修医师、继续教育等大量的教学任务，多次获得北京大学医学部的教学奖励，2011年成立AHA心血管急救培训中心，有6名医师获得基础和高级生命支持培训导师资格。
北京大学第三医院急诊科不断进取，飞速发展，紧跟时代前沿，已逐渐成为一个集“临床、教学、科研、管理”全面发展的临床科室。