北京大学第三医院内分泌科由著名内科学家黄大有教授于1984年组织筹建，1985年正式成立。现有在职人员26人，其中教授、主任医师2人，副教授、副主任医师4人，主治医师7人，助理研究员1人；主管技师3人，技师1人；主管护师3人，护师2人，护士3人。在岗人员中，具有博士学位者8人，具有硕士学位者5人，所有高级职称人员均在欧美国家学习1-2年以上，另有1名主管护师在美国Joslin糖尿病中心和香港接受过培训。经过20余年的发展，内分泌科在临床、科研及教学等各个方面与国内同级医院相比都已具备一定的竞争实力。近5年来，学科有了长足的进步，有关胰岛β细胞病理生理学、干细胞分化等方面的研究在国内处于领先地位，在国际上也有了一定的影响，已有多篇论文在国际SCI期刊上发表。2006和2007年，内分泌科被医院评为优秀管理团队。
　　2007年，内分泌科日均门诊量达340人次以上，年住院人数563人次，平均住院日11.6天。糖尿病和甲状腺疾病是临床工作的重点，但内分泌科的疾病种类还包括下丘脑-垂体功能减退与亢进症、甲状旁腺功能减退与亢进症、肾上腺功能减退与亢进症、性腺功能减退与亢进症、各种低血糖症、肥胖症、内分泌性高血压、痛风与高尿酸血症、骨质疏松症与其它骨代谢疾病、多内分泌腺自身免疫综合征、各种内分泌腺肿瘤等。
内分泌科实验室开展多项糖尿病相关检查项目，其中包括胰岛素、C-肽、谷氨酸脱羧酶抗体、胰岛细胞抗体、微量尿白蛋白排泄率、神经感觉定量测定等；与甲状腺疾病有关的项目有甲状腺功能和各种甲状腺抗体测定，可满足糖尿病和甲状腺疾病的诊治要求。此外，还开展皮质醇等其它检查项目以及一系列的内分泌功能试验项目。
　　自1985年以来，共完成培养博士生12名、硕士生18名、尚有在读博士生4名、八年制学博连读生2名、硕士生5名。此外，共培训进修人员100余人，每年承担本科生、大专生及进修生的大课课程60学时左右。
　　师资力量：内分泌科是北医系统中第一个拥有内分泌学科博士点的单位，也是国内较早建立内分泌学科博士点的单位。现有在岗博士生导师1人、硕士生导师4人。
　　教材编写：主编《物理诊断学》和《实验诊断的理论基础和临床意义》（黄大有教授），主译《牛津临床内分泌手册》（洪天配教授），多位医师参与编写和翻译出版了《内科学》（长学制教材）、《Joslin糖尿病学》、《哈里森内科学》（第15版中文版）、《胃肠病学》、《内科临床进修指南》等教材。
　　获奖情况：获得北京大学医学部和北医三院优秀教师或先进个人10余人次。
　　内分泌科的主要研究方向包括干细胞分化研究、胰岛损伤与功能重建的研究、糖尿病和桥本病的循证医学研究、2型糖尿病相关基因研究等。建科以来，共在国内外核心期刊发表学术论文200余篇，其中在Diabetes等SCI期刊上发表10余篇。内分泌科先后负责过各种国家级、部级、市级研究课题共20余项，其中包括国家自然科学基金4项、国家973计划重大项目子课题1项、国家863计划重大项目子课题2项、“十一五”科技支撑计划重大项目子课题1项、北京市重大临床研究专项子课题1项、北京市自然科学基金1项、教育部博士点基金3项、卫生部科研课题2项、美国纽约中华医学基金2项、“211”工程建设项目2项、985 Ⅱ期北京大学糖尿病中心招标课题1项等。