北京肛肠医院中医科始建于1957年，包括中医、针灸二个专业组，中医科共有在职职工3人，其中主任医师1名，副主任医师1名，住院医师1名。退休返聘专家3名，其中两名出身于中医世家，一名曾从师于我国著名中医专家印会合教授。
　　中医专业组： 作为肛肠专科医院的中医科，几十年来在临床实践中运用中医、中药、针灸按摩等诊疗技术在内科、五官科常见病、疑难病方面取得较好的疗效，尤其在诊治脾胃病、便秘、妇科病、抑郁症方面特色突出。门诊包括专家门诊3台（便秘、炎症性肠病、内科疑难病）。近年来开展具有中医特色诊疗技术4项，如“针灸治疗便秘”、“药物透入治疗”、“中药穴位贴敷治疗便秘”等。科室承担病房各科的中医、针灸按摩会诊任务，为急重症、疑难症的中西医结合治疗发挥了积极的作用。
　　中医科坚持“以人为本，以病人为中心”的服务理念，开展多项方便病人的就诊措施，开展多个检查项目，如心电图检查、快速血糖检查、结肠传输试验、排粪造影等；并利用展板进行常见病、多发病的预防治疗、保健康复的知识普及，免费发放科普知识材料。
　　针灸专业组：以针灸、刮痧、电针、耳针、点刺放血、拔罐、梅花针等多种方法治疗各科疾病，包括中风后遗症、面瘫、颈椎病、头痛、风湿性关节炎、消化道疾病、呼吸道疾病、妇科疾病等。近年来运用综合疗法治疗肛肠科疑难病如便秘、溃疡性结肠炎、青少年近视取得较好的疗效，也是我科特色之一。
　　科研方面：参与首都医学科技发展基金1项，中国中医科学院支持项目2项。