北京清华长庚医院胸外科于2014年创立，微创手术治疗居于国际领先水平，以微创手术为特色，并专业于胸外科肿瘤、感染、外伤等疾病治疗的发展战略。目前科内主治医师级以上均由北京市各大著名三甲医院调入，全部具有博士学历，并具有丰富临床经验。该科秉承清华“自强不息，厚德载物”的精神，贯彻长庚“以人为本，病患优先”的服务理念，以质量求生存，以科技求发展，不断提升医学品质，旨在打造世界顶级医疗服务。胸外科科室设有专科病房、支气管镜检查室，病房位于主体大楼7层，一期规划床位数50张，专科设备齐全、先进，配备有智能手术能量平台、超声刀、Storz 胸腹腔镜等。
　　医疗特色： 以胸腔镜或保留肋间神经和肌肉的胸部微创切口高质量地完成绝大部分胸外科手术。主要包括1、肺外科：以外科手术为主的肺癌综合治疗、肺癌淋巴结系统清扫及规范化治疗，倡导早期肺癌的筛查和戒烟，使肺癌的生存期得以提高。肺癌和其它肺病的手术治疗居全国领先水平。规范化诊治肺部小结节，使得许多良性病变患者免于手术痛苦，而许多犹豫不决的恶性肺部肿瘤患者得到及时无慢性疼痛后遗症的治疗。2、食管外科：全腔镜或辅助小切口完成胸腹联合或颈胸腹联合食管癌根治术，术后吻合口并发症及肿瘤复发率居国内较低水平。3、纵隔肿瘤：重症肌无力的外科治疗、胸腺瘤切除；与神经外科联合行后纵隔神经源性肿瘤切除；4、其他胸外科疾病如胸廓畸形、膈疝等;5、气胸、胸部创伤、胸壁畸形、手汗症等胸外科常规诊疗疾病。
　　该中心技术实力雄厚，尤其对难度较高的中央型肺癌、侵犯上腔静脉甚至心脏大血管的肺癌、上段及颈段食管癌、贲门癌、气管肿瘤、复杂纵隔肿瘤、气管、支气管成形及血管成形等手术以及胸廓畸形等复杂胸外科病例有丰富的治疗经验。