北京协和医院基本外科在我国医学史上有过不可磨灭的辉煌和业绩。基本外科成立于1921年，是核心科室之一目前，基本外科是我国普外科中规模最大（拥有5个病区共223张病床）、专业最全、最具特色的学科，拥有结构合理、素质优秀的人材梯队；多名教授分别在中华医学会和国内外杂志担任各种领导职务。
经过几十年的努力，基本外科已成为全国疑难重症疾病的诊治中心，并在胰腺、胃肠与营养等临床与科研领域独具特色、部分研究处于国内、国际领先水平；多次获得国家级、卫生部级、北京市级、医科院级、医院级的科研和医疗成果奖。1981年至今已经培养了博士研究生30余名，硕士生60余名，是一个学术气氛浓郁、技术力量雄厚、道德素质高尚的集体。
从1999开始，基本外科分别从医、教、研三方面制订了发展方案，并相继出台了关于基本外科医疗规章制度、科研计划、病案质量提高草案、实习医师职责等制度。为提高医疗质量和促进学科进展，还增加了“医疗质量管理监控制度”，即在每个月的最后一星期公开各组的手术例数、并发症发生率、周转率和使用率，在会上同时就疑难病例进行讨论，目前，这一制度已经坚持执行了近3年时间，它对于促进医疗改革后的科室管理水平的提高有着重大意义，对提高医疗水平和减少医患纠纷也起到了十分重要的作用。
在今后5年内，将建立多个基本外科下属的研究中心，进一步加强临床和实验研究，以带动和提高北京市基本外科的整体水平，提高病人生存质量和治疗效果，降低医疗费用，为21世纪我国基本外科专业培养出一批具有现代医学先进水平的、高素质的国家级队伍而努力。