心脏中心外科是由外科、麻醉、体外循环、重症监护组成的诊疗中心，心脏中心外科收治各种先天性心脏病、冠心病、心脏瓣膜病、心脏肿瘤、心肌病、心脏外伤、心律失常以及各种重症晚期心脏病、大血管疾病，及静脉系统疾病和糖尿病引起的外周血管疾病等。
　　心脏中心外科是由一批经验丰富、医术精湛、医德高尚、爱岗敬业的优秀医疗护理人员组成，由院长、享誉世界的著名心外科专家吴清玉教授亲自指导并参与中心的医教研工作，目前有医生和护士100余人，其中主任医师5人、副主任医师、护师5人，11人具有博士学位。
　　2009年1月心脏中心外科病房搬入新病房楼，84张床位的心脏中心外科病房，从根本上改善患者住院环境和条件。4间心脏专科洁净手术室和拥有18张床位的心脏外科重症监护室（ICU）位于同一楼层，2间先进的心导管介入手术室与17张床位的CCU位于同一楼层，使内外科手术和术后恢复形成一体化统一管理，极大地方便了危重患者的抢救和转运，为医疗质量的提高提供了安全保障。患者住院和就医环境得到很大改善。新病房充分体现了科技、人文相结合的设计和管理理念。
　　心脏中心外科具备高水平的完成所有先天性和后天性心脏外科手术的条件和能力。心脏外科开展的多项创新先心病技术居国内外领先水平。独特的三尖瓣下移畸形外科技术在全世界同类手术中效果最好；Ross手术、右室双出口合并大动脉转位手术和单心室分隔手术等复杂心脏畸形方面的手术效果达到国内、外领先水平；瓦洛四联症手术矫治效果被世界著名的美国心外科专家认为是世界上最好的。
　　心脏中心外科能开展不停跳、小切口、微创取血管等先进技术进行冠脉搭桥术，冠状动脉搭桥手术桥血管通畅率和近、远期疗效达到国内做好水平。独特的瓣膜成型技术可免除瓣膜替换对生活质量的影响，尤利于儿童和青少年。在房颤等心律失常的外科治疗及心脏辅助、人工心脏、心脏移植和心肺联合移植等方面具有丰富独到的经验。开展了外周血管病特色治疗。
　　心脏中心外科的患者来自全国各地以及日本、台湾、加拿大等国家和地区，其中大部分为复杂、危重及疑难病例。从刚出生到83岁，从2.4kg-96kg，涵盖了各种复杂先天及后天心脏疾患。常规手术成功率达100%，无严重术后并发症。平均住院日及手术费用较北京其他医院心外科时间缩短、费用降低，维持较高护理质量，国内许多其他医院不愿或不能做的手术很多在该院心脏外科得到成功救治。
　　心脏中心外科具体设置四个专业组，其中成人心外科主要收治大于14周岁的患者，包括先心病、心脏瓣膜病和冠心病；小儿心外科主要收治年龄不足14周岁的先心病患儿。小儿心内科实现内、外科工作的一体化管理，保证了先心病患儿在术前诊断、手术治疗、术后处理、长期随诊治疗等方面得到最好的服务和医疗诊治质量。血管外科主要开展大动脉血管瘤支架治疗和周围血管疾病外科治疗工作。心脏超声诊断、心血管麻醉、体外循环、手术室和重症监护室由一批经验丰富医护人员严格把关，为手术和术后恢复提供安全保障。
　　已为来自包括港、台在内的祖国各地、日本和加拿大等国的3000多例心血管病患者，成功的施行了心血管疾病外科手术治疗。复杂、疑难、危重症心脏病患者比例高达80%，年龄最小的出生后不满一天（11小时），年龄最大的有83岁，手术成功率达到了国内外领先水平。