创建于1999年8月，由国内著名专家张本固教授负责筹建。现有主任医师4名，副主任医师4名，主治医师2名，其中博士2名，硕士3名。目前有病床20张，其中监护病床4张，年收治病人超过600人次。
胸外科经过9年的不断发展和进步，已开展了包括：肺部及胸膜疾患，如肺癌、各种肺部良性肿瘤、支气管扩张、肺结核、气胸、肺大疱、 胸膜间皮瘤、手汗症等；食管及贲门疾患，如食管癌、贲门癌、各类食管良性肿瘤等；纵膈疾患，如胸腺瘤、畸胎瘤等各类胸外科临床治疗业务。现已开展的手术包括：肺叶切除术、肺袖状切除术、肺楔形切除术、全肺切除术、气管隆突成形术、鸡胸及漏斗胸的矫正术、食管癌根治术、各种纵膈肿瘤切除术。近几年在胸腔镜微创手术方面更是得到了长足的发展，已能在胸腔镜下熟练完成肺大疱切除、手汗症胸交感神经链切除、肺肿瘤楔形切除、肺叶切除、早期肺癌根治、纵隔肿瘤切除、肺减容等手术，大大减轻了患者由于手术造成的的痛苦。

在科研方面，目前由深圳市立项的课题有6项，其中在研2项，已结题4项。