该院胸外科隶属北京市呼吸疾病研究所。北京市呼吸病研究所是我国呼吸疾病诊疗和研究的重点单位和北京市呼吸疾病防治研究的基地。科室目前拥有60张病床（含京西院区），其中术后监护床4张，拥有多位知名的专家，技术力量雄厚。主任医师4名、副主任医师3名、主治医师4名，住院医师7名；其中博士6名，硕士7名。研究生导师2名，博士导师1名，在研博士生2名、硕士生8名。目前拥有设备：胸腔镜，纵隔镜、电子气管镜、EBUS、荧光气管镜、有创及无创呼吸机，多功能监护仪，振动排痰机，下肢驱动泵等。　
　　能开展全部普胸手术，疾病诊断率、手术成功率及病人存活率均达到全市一流水平。在肺癌、食管癌、纵隔肿瘤及气管疾病等方面处于国内先进水平；开展了胸部恶性肿瘤围手术期的辅助化学治疗，达到了满意的疗效，每年可完成300余例普胸手术，承担着北京市东部地区的各种胸部外伤的抢救工作。该科开展微创手术近十年，胸腔镜手术已完成肺大泡切除、纵隔及食管病变切除等手术几百例，达到创伤小、痛苦少、术后恢复快、住院时间短等满意效果。
　　科室特色及优势
　　1.慢性阻塞性肺病的外科治疗是该科的特色项目，开展治疗肺气肿的新方法―肺减容术（LVRS），不论在手术例数上还是科研方面均保持全国领先地位。2005年获得卫生部肺移植资格认证开展肺移植工作，到目前为止实施了例肺移植，取得满意效果。
　　2.微创胸外科。该科开展微创手术近十年，胸腔镜手术已完成肺大泡切除、纵隔及食管病变切除等手术近千例，达到创伤小、痛苦少、术后恢复快、住院时间短等满意效果。2010年在国内率先开展了全腔镜食管癌切除胃食管胸腔内吻合术，在国内居领先水平。
　　3.胸部恶性肿瘤的综合治疗:胸部肿瘤特别是肺癌、食道癌等近年来发病率明显增高。近年来开展了肿瘤病人的围手术期辅助化学治疗，一定程度上提高了手术切除率、改善了生存率，达到了较为满意的疗效。由于在呼吸支持与康复、呼吸道管理、术后监护等方面的优势，使低肺功能合并肺癌、食道癌病人的手术治疗成为可能，并取得了较好的效果，为呼吸功能不全的胸部肿瘤病人长期生存带来了希望和曙光。
　　4.在胸部外科急症领域，医院整合了外科监护室、急诊科、放射科、超声科、检验科，形成胸外科救治小组，切实承担起国家公共卫生突发事件和创伤救治的任务，同时也履行了医院辐射周边地区的胸部外科急重症的救治基地的工作职能，临床救治水平居于国内领先地位。多人多次被卫生部作为专家派往救灾和创伤救治现场。