北京大学口腔医院病理科1947年由中国口腔病理学界的元老郑麟蕃教授创建，是我国最早成立的医学研究室之一。1963年经卫生部批准正式成立口腔病理研究室，1989年被国家教委授予全国重点学科点。目前是全国口腔病理唯一的博士授权单位、历届中华医学会口腔病理学组组长及中华口腔医学会口腔病理专业委员会主任委员所在单位、本科生《口腔组织病理学》全国统编教材第1版至第6版主编单位，在全国口腔病理学界享有很高的声誉。
　　病理科在医疗上主要承担北京大学口腔医院就诊患者的临床病理检查诊断工作，并为手术患者提供术中冰冻快速诊断，还开展对外院切片的专家会诊工作。由于拥有吴奇光教授、于世凤教授等为代表的雄厚的专家诊断队伍，学术水平高，技术力量雄厚，设备先进，并积极开展组织化学、免疫组织化学等辅助诊断技术，其病理诊断例数及诊断水平在全国口腔专科医院中名列前茅。科室建立至今已完成各种类型口腔颌面部疾病的病理诊断80000余例。为提高诊断水平，病理科与多个国内、国际病理研究单位建立了疑难病例会诊关系，是全国6个主要口腔医学院校院际联合口腔病理会诊的牵头单位，并参加主持北京市病理读片会，其口腔病理诊断水平居全国领先。
　　专业特色
　　1．活体组织病理检查：通过大体检查、制作组织学切片、显微镜读片等工作程序，为该院各临床科室送检的各类口腔颌面部疾病进行病理诊断。除特殊疑难病例外，5-7工作日发报告。提供电话查询、邮寄或传真病理报告服务。
　　2．术中冰冻病理诊断：接收临床手术进行过程中送检的新鲜病变组织，在30分钟内向手术室传真病理诊断报告，能及时确定病变的性质，为手术医生进一步确定手术方案提供支持。目前每年完成的冰冻病理诊断约500例。
　　3．免疫组织化学病理诊断：采用商品化的标准试剂，利用抗原和抗体的特异性免疫反应来定位组织中某种抗原的分布，是疑难病理诊断、尤其是肿瘤病理诊断中最重要的辅助手段，如对分化差的恶性肿瘤进行诊断和鉴别诊断。
　　4．疑难病理会诊：病理科拥有由吴奇光、于世凤、孙开华、高岩、李铁军等国内知名口腔病理学教授组成的专家会诊队伍，每年进行外院疑难病理切片会诊约400例，也接收外地邮寄的病理切片会诊。