2007年7月设立十六病区（感染疾病科），由林剑生担任科主任，叶雪玲担任科室副主任，床位编制30张，医护人员18人，高级职称2人，中级职称6人，初级职称10人。
　　该病区前身是传染科。20世纪50年代，医院内设有隔离病房，收治传染病患者。1960年，正式设立传染病室，加强隔离工作，尽量减少交叉感染。次年，把加强传染病管理作为医院的一个工作重点，传染病室改称传染病科，设立传染病房。1965年在新建病房大楼时，另建一座平屋，专供传染病使用。但由于人员和设施配备不足，传染病科还是不能实际和内科分开，传染病人多的时候，还是要住进内、儿科病房的。
　　1977年7月，传染科再次从内科分出，独立建科。开展对病毒性肝炎、各类传染病、结核病、麻疹、百日咳、白喉、乙脑等传染病的治疗。随着科技的进步，进入21世纪，白喉、脊髓灰质炎几乎绝迹，麻疹、细菌性痢疾也极少见，一些传染病也明显减少。
　　近几年来，一些旧的烈性传染病（如鼠疫、霍乱、登革热）死灰复燃，再度发生；一些新的传染病（如非典型肺炎、人禽流感、肺炭疽、手足口病）偶有发生。因此，2006年，传染科改名为感染疾病科，成为政府应对突发性公共卫生事件的一个主要科室，担负防治这些新老传染病的重任。
1990-2007年传染科开展新技术、新项目有：体外隔肌起搏器的应用；胸腺因子D及酮替芬治疗肺结核哮喘；西米替丁治疗肺结核咯血；阿昔洛韦加复方益地灵治疗慢性乙肝及重症肝炎；促肝细胞生长素治疗重症肝炎；开展丙型肝炎的病原、病因探讨及其诊治；干扰素病毒唑治疗乙脑；套管针胸腔闭式引流治疗肺结核并发气胸、胸膜活检术、经皮肺穿刺术；大黄庶虫丸治疗慢性肝炎；纤支镜临床应用；腹水浓缩回输治疗肝硬化腹水；对氨基水杨酸钠异胭肼、利福喷汀、利福霉素纳治疗结核病、能治性肺结核；痰热清治疗流行性腮腺炎；手足口病。
　　科研成果：《干扰素、病毒唑联合治疗流行性乙型脑炎》获安溪县科技进步二等奖。