安徽医科大学附属巢湖医院妇科是原地级巢湖市重点学科，现编制床位38张，医师20人，其中主任医师3人、副主任医师3人，硕士以上学历5人；护理人员19人，其中主管护师4人（含门诊）。负责诊治全市及周边地区各类妇科疾病、妇科肿瘤和妇科内分泌的治疗和处理。
　　妇科率先在该市开展腹腔镜手术，并引进新柏氏液基细胞检查仪、德国进口的电子阴道镜和高频电波刀等专科设备进行外阴、阴道、宫颈疾病的诊治，尤其是早期宫颈癌的筛查，形成具有特色的诊疗方式和严格规范宫颈疾病的三阶梯治疗。此外还开展多项高难度手术，如妇科恶性肿瘤根治手术、双侧盆腔腹主动脉旁淋巴清扫术、卵巢肿瘤细胞减灭术。开展妇科内分泌疾病的诊治，有严重的并发症的各期妊娠终止妊娠技术。技术娴熟的输卵管吻合术给许多慕名就医的不孕患者带了生育的福音。
　　安徽医科大学附属巢湖医院产科是巢湖市的重点科室，现编制床位29张，现有医师20人，其中主任医师3人、副主任医师2人，硕士以上学历5人；护士20人，其中主管护师7人。产科设有高危病房、温馨爱屋、隔离病房，并实行母婴同室。拥有胎儿心电监护仪等多种先进设备。
　　产科技术力量雄厚，能对妊娠合并症（心脏病，高血压，肾功能不全，免疫性疾病，内分泌疾病，血液学疾病）进行诊治，对妊娠并发症（如前置胎盘，胎盘早剥，产后出血等）进行抢救和治疗。产科常规开展高危妊娠监测，如胎心监护，彩超对出生缺陷的监测及胎盘功能的检测，开展多胎妊娠的处理、产科疑难危重症的诊治和抢救。产科担负着该市孕产妇产前、产时、产后系统保健任务及下级医院转诊的高危疑难症的急救，是国家级爱婴医院、爱婴科室。