针研所有一支在临床、教学、科验等方面能力较强的针灸专业技术队伍，其主要任务是运用现代科学知识和方法，研究针灸治病的规律及其作用原理，以继承和发扬我国传统针灸医学。拥有针灸免疫研究室（国家中医药管理局三级实验室），针灸神经、泌尿研究室，针灸文献研究室，及针灸中药效应研究联合实验室，先后承担国家自然科学基金课题20余项，市科委课题10余项，及其他部市级、局级课题50余项，获各类科技成果奖50余项。

十多年来，针研所已培养针灸学博士30名，硕士50余名，在站博士后3名。同时，是中国针灸学会实验分会挂靠单位，还承办了《上海针灸杂志》、《针灸推拿医学》（英文版）杂志。

上海市针灸经络研究所门诊部设有"针灸科"、"推拿科"、"中医内科"和"康复科"以及"特需门诊"。是"上海市城镇职工基本医疗保险定点医疗机构"、"中国上海国际针灸培训中心临床实习基地"。与上海中医药大学附属岳阳中西医结合医院共同申报，并被批准为"上海市针灸推拿临床医学中心"建设单位。针研所对免疫、内分泌、神经、运动、心血管、消化、泌尿、生殖等系统疾病的针灸疗效机制进行深入研究。对针刺治疗某些免疫性、内分泌性疾病和各种疼痛性疾病有明显效果。临床上逐步形成以针灸为主结合中西药、现代针灸仪器等综合手段治疗中风后遗症、溃疡性结肠炎、慢性排尿障碍（尿道综合症、尿失禁）、耳鸣、耳聋、帕金森氏病、震颤麻痹、脑萎缩、精神神经症、颈腰椎病、肥胖症等的业务特色。

经市卫生局批准"中医针灸治疗溃疡性结肠炎专科"为上海市特色专科，另设有中风专科、尿道综合症专科（该项目为国家中医药管理局向全国推广的项目）、颈椎病专科。